转录组测序(RNA-Seq)是用二代测序技术(NGS)测定特定组织在某一状态下的几乎全部转录本序列,是基因组测序的实现形式之一。RNA-Seq数据中有丰富的基因融合、基因表达量变异、转录本变异、基因序列变异和免疫基因多样性等信息。近年来 RNA-Seq 在肿瘤中的应用越来越多。
本产品是基于RNA-Seq技术,从RNA水平检测与肿瘤发生发展相关的所有基因的融合变异,与DNA检测形成互补,提升肿瘤患者靶向用药机会,并为肉瘤等少见癌种提供分型诊断及预后提示。
RNA-Seq分析融合基因变异的优势
1、相较传统模式鉴定(荧光原位杂交(FISH)、聚合酶链式反应(PCR)),RNA-Seq可以发现少见的隐匿性易位或微缺失导致的融合;
2、RNA-Seq能发现一些发生率并不低但长期被忽略的融合;
3、传统的融合基因检测方法(RQ-PCR、FISH)存在严重局限,只能检测已知伙伴基因的已知断点的融合基因,漏检率非常高。RNA-Seq对全部有表达的基因的mRNA进行测序分析,得到全部融合基因的序列信息,避免漏检。同时也可以发现新的融合基因。
文章“Potential unreliability of uncommon ALK/ROS1/RET genomic breakpoints in predicting the efficacy of targeted therapy in NSCLC”中,该研究共纳入了3,787例NSCLC病例,队列1中(1,171例)经ARMS和DNA-NGS检测为驱动基因变异为泛阴性的病例中,恒特基因的RNA-NGS仍可检测10%的可治疗融合变异。
临床应用方向
1、用药指导:全转录组测序明确融合Partner基因,增加靶向用药机会;
2、辅助诊断:RNA水平全面的融合基因检测,辅助肉瘤等少见肿瘤精细分型;
3、肿瘤免疫微环境分析:评估免疫检查点抑制剂的治疗疗效。
适用人群
1、需要全面检测融合基因类型,寻找潜在靶向治疗的患者;
2、通过融合基因RNA测序辅助诊断和寻找进一步治疗方案的肿瘤患者。
样本送样要求
送样流程
报告周期
7-10个自然日