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研究物种：斑马鱼

发表期刊：Environment International（IF=9.62）

研究方式：生化实验+转录组

摘要：

TCPP作为一种阻燃剂在环境中普遍存在，但TCPP可能会对人类肥胖、脂质稳态等方面存在安全隐患等。研究以斑马鱼为实验物种，研究了TCPP（5-25mg/L）对幼年和成年斑马鱼脂质平衡的影响。发现TCPP暴露会导致明显的脂代谢紊乱，斑马鱼出现肝脏肥胖和脂肪的过度堆积。而这些可能是由于TCPP诱导成脂基因的过度表达并抑制了脂肪酸氧化基因导致。同时过度的脂肪堆积进一步引起了氧化损伤和炎症反应。

基于高通量转录组测序，研究发现TCPP暴露导致了多个与脂代谢和炎症有关的途径表达更为明显，同时也激活了部分癌症途径相关基因。

综上所述，这些研究为我们从机理上理解TCPP对人类健康的影响提供了新见解。

图1.TCPP对斑马鱼的毒性机制研究

研究物种：榧树

发表期刊：Food Chem（IF=7.51）

研究方式：转录组+代谢组

摘要：

榧树果仁营养丰富，具有很高的经济价值和营养价值。不同发育阶段的果仁，氨基酸含量差异巨大。但是其氨基酸生物合成的分子基础和调控机制尚不明确。研究进行了转录组和代谢组分析。相关分析结果表明，4个基因与至少10个氨基酸呈显著正相关。并发现位于叶绿体上的关键基因TgDAHP2和TgASA1。通过构建过表达TgDAHP2和TgASA1的拟南芥，发现二者的过表达会显著提高部分氨基酸的含量。此外，研究还发现了3个转录因子可以正向调控TgASA1的表达。研究有助于了解榧树氨基酸生物合成的分子调控机制。

图2.氨基酸合成途径中氨基酸编码基因与代谢物的Pearson相关分析

研究物种：酸土脂环芽孢杆菌

发表期刊：Food Research International（IF=6.48）

研究方式：转录组+蛋白组

摘要：

酸土脂环芽孢杆菌可以在巴氏灭菌中存活，但是其对热胁迫反应机制尚不清楚。研究利用转录组检测了热胁迫下酸土脂环芽孢杆菌的转录变化，并结合蛋白质组学和生理数据进行了综合分析。对特异性或共同调控的差异基因和差异蛋白功能的比较分析表明，酸土脂环芽孢杆菌的耐热性主要是通过调节肽聚糖和脂肪酸组成来维持细胞被膜的完整度。通过减弱糖酵解、减少核糖体合成和激活核糖体休眠，从而降低能量损耗。有氧呼吸链末端氧化酶细胞色素Bd和Aa3表达上调。同时，MARR家族转录调控因子上调，发现了活性氧自由基(ROS)，超氧化物歧化酶(SOD)浓度升高，表明高温诱导了氧化应激。此外，DNA和蛋白质损伤修复系统也被激活。本研究从一个全面的角度解析了酸土脂环芽孢杆菌对热胁迫的反应机制。

图3. 酸土脂环芽孢杆菌对热胁迫反应模型

研究物种：石斛兰

发表期刊：Front Plant Sci（IF=5.75）

研究方式：三代转录组+转录组+代谢组

摘要：

石斛兰的不同附生模式对其主要药用成分的含量有影响，但具体机制并不清楚。本研究，对石斛兰的愈伤组织、幼苗、根茎和叶子等进行了三代测序测序，并选取了2年生的茎进行了二代测序和代谢组检测，分析了不同附生模式下代谢差异的遗传机制。结果得到了差异基因和差异代谢物，不同的附生模式会引起一系列的代谢变化，包括黄酮代谢、嘌呤代谢、氨基酸代谢等，挖掘出了一系列关键的相关调控基因。结果表明，不同附生模式下石斛兰存在遗传机制的差异，为后续育种提供研究基础。

图4.差异表达基因