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产品介绍

    宏基因组学(Metagenomics),也称元基因组学,利用三代PacBio高通量测序平台以特定环下微生物群体基因组为研究对象,在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上,可进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系,发掘潜在的生物学意义。与二代测序方法相比,三代宏基因组采用PacBio SMRT测序的长读长可以轻松覆盖基因区间或基因特异性区域,减少部分拼接错误,更真实反应菌群的复杂组成,有效提高微生物群落鉴定的分辨率,为深入功能研究奠定完美基础。


技术优势

    通过对PacBio原始错误率的矫正,可以得到高质量CCS Reads,最低准确率达到99%以上,从而较完整地覆盖大多数微生物基因或基因的特异性区域,无须组装即可进行菌群组成、功能基因注释和代谢通路分析。

    基于高质量CCS reads的三代组装策略,增加了来自不同微生物的reads的特异性,有效避免了不同个体reads之间的交叉组装,精确还原环境中微生物组成和功能基因信息,实现对菌群数据的深度挖掘。


应用方向

    (1)医学领域:代谢病、肿瘤癌症等;

    (2)畜牧领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;

    (3)农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;

    (4)环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等;

    (5)生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发;

    (6)特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。


技术路线


技术参数

农学科研
表观遗传
基因组
重测序
转录调控
微生物
生物信息学服务
医学临检
实体瘤基因检测
血液肿瘤基因检测
心血管精准用药基因检测
单基因遗传病基因检测
病原基因检测
医学科研
三代测序技术
单细胞测序技术
二代测序技术
三维基因组学技术
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