微生物测序已成为研究微生物世界的重要工具,但正确的样品处理和送样是确保测序结果准确、可靠的关键。以下是扩增子、宏基因组产品的详细送样指南,帮助您优化研究设计和样品收集过程。
样本准备前注意事项
标本采集是否符合要求,直接影响检验质量。因此要求做到及时性、合理性、有效性、代表性:
1、 采集的标本应盛于无菌容器内,确保所采集的标本无外源性的污染;
2、 根据目的菌的种类(需氧菌、厌氧菌等)采用不同的方法采集标本;
3、 所采集的标本必须有代表性;
4、 采集量不得过少,否则提取的DNA量过少不能满足后续实验;
5、 对样本的来源、采集过程和方法等作详细记录。
组织样本送样量要求
注意:
(1)收集菌体时,建议用无菌的1xpbs缓冲液,取样时注意全程无菌操作;
(2)建议合理送样,如送样量过多会进行销毁;
(3)最低样本量:若样本量不足,可适当减半样本量;
(4)动物和植物组织样本和带较多宿主细胞的样本测序数据中宿主序列占比较高,请酌情考虑。
关于肠道和土壤样品的收集方法请看往期精彩
微生物 | 肠道微生物研究取样方法
微生物 | 土壤微生物研究取样方法
核酸样本送样量要求
注意:
(1)提取的DNA样本需要保存在-20℃或-80℃;
(2)样品溶液澄清无色,无不可溶解物质;
(3)不含螯合剂(如EDTA)、二价金属阳离子(如:Mg2+)、变性剂(如胍盐、苯酚)、去 污剂(如SDS、Triton-X100),不含生物组织中的污染物(如血红素、腐殖酸、多酚);
(4)样品运送前保存在-80°C冰箱;样品保存期间切忌反复冻融;
(5)运输方式:将样品管用封口膜封口,再放置于50mL离心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50 mL 管内或其他支撑物内加入液氮等危险品),使用厚度4cm以上的泡沫箱包装,10kg以上的干冰运输。
DNA样品准备中的注意事项
(1) 样本在提取过程中应避免DNA过度干燥。可以让DNA自然风干,如使用离心浓缩仪,请关闭加热功能;
(2) 基因组DNA洗脱建议使用纯水或pH值中性的缓冲溶液;
(3) 避免高速涡旋振荡等剧烈方式处理基因组DNA。如需重悬基因组DNA,请温柔的颠倒或轻叩样本管;
(4) 样本不要暴露在高温(>65℃ , 1小时或以上)或极性环境中(pH<6或pH>9),如果样本来源生物的生存环境属于极端环境,提取样本前请与菲沙沟通提取方案;
(5) 样本应避免接触紫外线、荧光染料等可能损伤DNA 的处理;
(6) PacBio/Nanopore测序构建的是大片段文库,小片段DNA和基因组大片段断裂都会影响后续的建库、测序实验。因此,三代测序对于样本的完整性要求非常高,能用于其它测序仪的样本不一定适用于三代测序。如果样本存在降解情况,这可能会对后续的数据分析造成极大的障碍。因此,需要对DNA 样本进行电泳检测。
通过遵循微生物测序送样指南,您可以确保样品的质量和完整性,从而获得准确、全面的微生物学研究结果。让我们一起推动微生物领域的探索和创新!