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鼻咽癌易感基因的调控元件及功能机制

该研究首先通过全基因组关联分析发现了两个新的鼻咽癌(NPC)易感区域,9q22.33和17q12,以及两个已知的易感区域,5p15.33和9p21.3,并且通过分析这些区域的染色质开放性、组蛋白修饰和染色质互作情况,发现了一些功能性SNP和目标基因。随后,该研究通过双荧光素酶实验和CRISPRi实验验证了功能性SNP对目标基因表达的影响,确认了两个易感基因,PHF2CDKN2B-AS1。最后,通过细胞增殖和克隆形成实验探索易感基因在NPC发生中的作用,该研究发现PHF2是一个NPC肿瘤抑制基因,而CDKN2B-AS1是一个致癌基因。


9q22.33区域七个SNP(左)和9p21.3区域两个SNP(右)的功能注释(Wang T M, et al. 2023. The American Journal of Human Genetics.


胚胎表面上皮细胞命运决定机制

该研究利用RNA-seq、ChIP-seq、Promoter Capture Hi-C和ATAC-seq等多组学方法,根据细胞形态学相关基因(MRG)的动态变化确定了从人类ESC(hESC)到表面上皮细胞(SE)命运转变的关键点,并在SE分化的起始阶段确定了细胞特异性的顺式调控元件-启动子相互作用。在靶向顺式调控元件的转录因子中,GRHL3通过改变全局染色质状态,激活SE身份特性基因,并与BMP4形成正反馈,是调控SE命运的核心转录因子。本研究将MRG特征与细胞命运转换联系在一起,为研究SE特异性调控元件提供了全面的资源,对再生疗法的发展大有裨益。

SE起始阶段的顺式调控网络(Huang H, et al.2022. Science Advances.


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