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基因组重测序揭示桑树驯化、扩张和性状改良的遗传基础

题目:Genomic Resequencing Unravels the Genetic Basis of Domestication, Expansion, and Trait Improvement in Morus Atropurpurea

发表期刊:Advanced Science

发表时间:2023年6月

测序策略:llumina、PacBio、Nanopore、Hi-C

研究物种:雄株“Huiqiu1”和雌株“Tang10”

研究结果

研究者对雄性品种Huiqiu1”和雌性品种“Tang10”完成了染色体水平的基因组组装,这两个品种均属于M.atropurpurea,在我国南方广泛种植。然后研究者对290份桑树品种进行了重测序,,并结合已发表135个品种和川桑进行后续分析。在这些材料中共鉴定到2,375,117个高质量的SNPs以及934,187InDels。系统发育树将所有品种分成五个亚群:野生种、M.atropurpurea(包括地方品种1、地方品种2MECMA(优良品种)亚群)、CIH(中国的种间杂交种)、JIH(日本的种间杂交种)以及MAM(包括MAM.alba)和MMM.multicaulis)亚群),与主成分分析的结果一致。

系统发育树和admixture分析显示,来自日本的种质(JIH组)属于Landrace1组的广东桑(43%)与MM44%)或MA13%)组之间的种间杂交,而CIH组主要由Landrace2组的广东桑和MM31%)或MA之间的杂交产生。来自东南亚国家(泰国、越南和印度)的桑树材料与原产于云南(中国)的桑树资源聚在Landrace1群中,表明这些地区的桑树之间的关系更为密切。来自韩国、阿塞拜疆、乌克兰和阿根廷的品种集中在MMMA组,这些品种可能分散在中国中部或北部,推测广东桑可能在中国南方独立驯化。

425份重测序桑树材料的系统发育关系和群体结构

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