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常见问题

Q1:全长转录组中Polymerase reads,Subreads,CCS和 FLNC分别指什么?

    Polymerase read:DNA聚合酶完成一次DNA合成后所获得的一段核苷酸序列,包含adaptors以及进行多次滚环测序所获得的序列。

    Subreads:每一个polymerase read被分割形成一个或多个subreads,包含插入片段的单条链被聚合酶经过单次测序的序列,不包括接头序列。

    CCS:circular consensus sequencing reads,环形一致性序列,这种一致性序列通过对来自单个ZMW中的subreads进行比对产生。使用CCS算法产生的CCS reads至少需要读取两轮来自插入片段的subreads。

    FLNC:full-length non-chimeric 序列,指满足两端引物,3’端poly-A尾均被完整测出且不存在序列嵌合的一类全长非嵌合CCS。


Q2:全长转录组产品的优势?

    基于PacBio平台的全长转录组无需打断拼接,直接获得完整的转录本信息,从而得到更准确的可变剪接、融合基因等结构信息。

    二代测序由于读长的限制,所得到的的测序数据和准确度都会低于全长转录组。


Q3:全长转录组为什么推荐“三+二”?

    全长转录组可以对转录本进行定性分析,侧重于分析转录本结构;而普通转录组常用于基因的差异表达,侧重于定量分析。两种研究方法的侧重点具有差异又能完美互补。另外,使用“三+二”的研究思路,可以对两种测序结果进行相互校正,提高分析结果准确性。


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