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1、lncRNA筛选

    通过多种编码潜能预测方法识别出non-coding转录本进行统计,鉴定共有和特有的lncRNA数目,取预测结果的交集为后续lncRNA分析的数据集。


2、表达水平分析

    对不同实验条件下各样品的lncRNA表达水平绘制小提琴图和密度分布图,比较各样品表达水平,并进行样品相关性分析。


3、差异表达分析

    使用差异基因火山图展示不同比较组合差异转录本的整体分布情况,从差异倍数(log2(foldchange))和校正后的显著水平(padj/qvalue)两个水平进行评估,对差异转录本进行筛选。


4、lncRNA和mRNA联合分析

    lncRNA测序可以同时得到mRNA和lncRNA信息,通过比较两者在结构、表达量水平上的差异,可以更好地探究lncRNA与mRNA的区别与特性。通过分析差异lncRNA靶向的mRNA,可以更好地研究和探索差异lncRNA行使的功能。将lncRNA和mRNA进行结构上的比较分析,通过观察两者在转录本长度,外显子个数的比对情况,一方面,可以比较lncRNA和mRNA分子上的差异;另一方面,可以验证预测得到的novel lncRNA是否符合一般特征。


5、差异lncRNA靶基因分析

    对差异lncRNA的靶基因进行功能分析,通过GO、KEGG富集分析、靶基因PPI分析和转录因子分析等,探究lncRNA靶基因功能。


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