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1、OTU/ASV分析

    OTU即分类操作单元,是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。可以根据不同的相似度水平,对所有序列进行OTU划分,每个OTU对应于一种代表序列。


2、物种分布柱状图

    当只有1个样品或分组时,物种分布以饼图展示,否则以柱状图展示。下图是各水平物种分布柱状(饼)图:从左至右依次为门、纲、目、科、属、种水平;一种颜色代表一个物种,色块长度(柱状图)或色块面积(饼图)表示物种所占相对丰度比例;为使视图效果最佳,只显示丰度水平前十的物种,并将其他物种合并为 Others 在图中显示,Unclassified代表未得到分类学注释的物种,具体物种信息可在相应分类等级中的物种丰度表中查找。


3、Alpha多样性分析

    Alpha多样性(Alpha diversity)反映的是单个样品物种丰度(richness)及物种多样性(diversity),有多种衡量指标:Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Coverage、PD_whole_tree。Chao1和Ace指数衡量物种丰度即物种数量的多少。Shannon和Simpson指数用于衡量物种多样性,受样品群落中物种丰度和物种均匀度(Community evenness)的影响。


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