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2023年11月27日，中国农科院深圳农业基因组研究所张兴坦团队与广东省农业科学院、福建农林大学等单位在国际知名期刊《Nature Plants》上合作发表题为“Gene mining and genomics-assisted breeding empowered by the pangenome of tea plant Camellia sinensis”的研究论文。

该研究采用PacBio和Hi-C等测序技术完成了18个代表性茶树品种的高质量基因组组装，并对4个已发表的茶树基因组（LJ43，SCZ，HD和TGY）进行重新注释。分析发现，所有组装的茶树基因组中包含大量重复序列，其中长末端重复序列（LTR）占比达到50%以上。通过结构变异分析，研究者共鉴定出887,986个结构变异（SVs)，大多源于转座元件（TEs），均匀分布在15条染色体上。为了协调不同基因组之间的等位基因，研究者进一步构建了茶树泛基因组，并基于茶树泛基因组对155个重测序样本的芽期（TBF）性状进行全基因组关联分析（pan-GWAS），通过鉴定出33个显著SNPs获得与早芽萌发相关的QTL。此外，研究者基于SV进行pan-GWAS鉴定到一个与早芽（EBF）相关的基因。该研究揭示了pan-GWAS在识别茶树性状相关遗传变异方面的效率。

5848vip威尼斯电子游戏“智周万物”论坛，特邀该论文共同第一作者、中国农业科学院深圳农业基因组研究所博士研究生陈帅对“茶树泛基因组助力基因组辅助育种”主题内容作在线报告，欢迎各位感兴趣的老师届时参与和讨论。

12月19日14：00-15：00