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小麦赤霉病菌生防菌株Bacillus velezensis YB-130的分离鉴定及全基因组研究

期刊:Frontiers in Microbiology

时间:2020年

物种Bacillus Velezensis

测序平台

        PacBio Sequel II测序,10kb文库

        Illumina NovaSeq测序 PE150

组装结果:1条染色体,基因组为3.98M,“0 gap”完成图


研究结果

(1)基因组测序与组装

    测序共获得219,950条高质量的长reads,平均长度为10,829bp,N50为13002 bp。总碱基数为2,381,982,861bp,基因组测序深度为527.26X,基因组已存储于GenBank(登录号为CP054562)。YB130基因组由3,980,767bp的单条环状染色体组成,平均GC含量为46.46%(图4)。菌株YB130 转录组测序中,共获得了50,894,066对双端测序reads。与组装的基因组序列的比对表明三个测序重复中分别有97.57%、98.52%和97.70%的测序reads被映射到组装的YB-130基因组序列中的唯一位置,测序reads总比对率分别为98.96%、99.38%和99.04%。

YB-130基因组圈图


    (2)利用菌株YB-130和其它11种芽胞杆菌的16S rRNA基因序列构建了系统发育树(图5)。菌株YB-130与B. velezensis FZB42亲缘关系最近,与其他3株B.velezensis聚在一起。基于菌株YB-130与其他菌株的全基因组参考序列的ANI分析结果表明,菌株YB-130与B. velezensis ANI值最高(0.97或更高)于(图6)。B. velezensis FZB42、FJAT-450281和CAUB946的ANI值分别为98.31%、97.77%和97.66%,均高于细菌种的95%-96%的阈值。而YB-130菌株与其他8种芽胞杆菌的ANI值则较低,为70.35%~77.16%。因此,结合16S rRNA和全基因组序列ANI值分析,菌株YB-130被鉴定为贝莱斯芽胞杆菌(B.velezensis)。

基于16S rRNA序列构建菌株YB-130与其他11种芽胞杆菌的系统发育树


菌株YB-130和其他11种芽胞杆菌全基因组平均核苷酸一致性(ANI)值的热图


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