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常见问题

Q1:三代细菌基因组测序相对二代有哪些显著优势?

二代测序技术由于读长较短及碱基偏好性问题,难以解决基因组中重复区域及GC异常区域,三代测序平台,由于读长较长,不需要经过PCR扩增,可以一次性获得完整的细菌基因组图谱,实现没有gap和N碱基的组装,同时还可以获得质粒基因组信息。


Q2:contig成环,完成图,圈图分别指什么?

contig成环:是通过组装矫正后基因组的contig是否存在overlap判断;如果存在overlap,那么contig成环(交付的结果是去除overlap的)。

完成图:是指基因组组装完整,通常是所有的contig(不算质粒,部分菌有多个染色体)均成环;但有一些菌(放线菌)的基因组不是环状的,那么有没有组装成完成图,主要是通过contig两端是否存在反向重复序列(20kb左右)来判断。

圈图:是基因组的一种展示结果。


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FAQ系列 | 细菌完成图你需要知道这么多!

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